本发明提供一种跨粒径级配抛石防冲刷结构及施工方法，包括至少一层防冲刷结构；跨粒径级配抛石防冲刷结构设置于海底的土层上；防冲刷结构是基于大量碎石和少量胶凝浆体构建得到的；大量碎石通过抛石导管被抛填至土层和/或任一层防冲刷结构的表面，在土层和/或任一层防冲刷结构的表面形成窄粒径级配碎石堆积体；胶凝浆体用于通过浇筑导管被浇筑在碎石堆积体的表面的多个局部区域；胶凝浆体用于在碎石堆积体的表面扩散，并沿着碎石堆积体空隙向下流动，使得浆体流动范围内的碎石相互粘结，形成超大粒径的胶结碎石簇，从而将窄粒径级配的碎石堆积体转变为防冲刷结构。跨粒径级配抛石防冲刷结构可以避免其周围构筑物长期循环倾斜变形及振动。