本发明提供了一种使用无人机对输水隧洞斜洞段进行检查的方法及其系统，该方法通过配置无人机系统，包括无人机本体、导航模块、拍摄模块、测距模块、数据存储处理模块等，实现斜洞段的快速、准确、全面检查，无人机系统在信号中继器的支持下，稳定飞行并拍摄斜洞段图像，通过网络信号收发装置实时传输至数据存储处理模块进行处理和分析，提取缺陷信息并确定其位置，绘制输水隧洞斜洞段缺陷分布展开图，有助于后期对缺陷进行精准定位与修复；本发明解决了现有检查手段工作量大、耗时长、安全风险高、无法完整反映缺陷形态及分布情况等问题，提高了检查效率和准确性，降低了安全风险，为水利工程检测领域提供一种新的技术手段。