一种基于WebVR界面定位交互的分层分通道控制方法和系统。该方法包括，构建包含背景层、数据层和交互层的Shader节点，并将Shader节点赋予三维交互界面的对象，利用前端数据接口获取数据并通过Shader节点的数据层通道呈现到三维交互界面上；将WebVR的交互射线在三维交互界面中的碰撞点转换为前端页面的二维坐标点，在所述前端页面中监听所述二维坐标点进入和离开交互区域的状态，根据所述状态生成对应的效果；当接收到所述交互射线的点击事件时，将点击事件中的碰撞点转换为前端页面的二维坐标点，得到前端页面的点击事件，根据前端页面的点击事件更新所述前端页面和所述三维交互界面。本发明的方案实现了在Web3D环境下一套交互界面数据交互逻辑适用于多终端。