本发明涉及生物检测的技术领域，提供了猕猴种群免疫状态鉴定方法和系统，对来自猕猴种群下属所有猕猴个体对应的样本分别进行免疫测定，得到每个样本对应的检测图谱，识别检测图谱的数据属性信息，以使筛选保留有效检测图谱；根据所有有效检测图谱转换得到的免疫状态检测结果数据，构建所有免疫状态检测结果数据与所有猕猴个体之间的免疫状态知识图谱；从猕猴种群的活动影像分析得到不同猕猴个体之间的接触行为特征数据，构建接触行为特征数据与所有猕猴个体之间的行为状态知识图谱；再基于免疫状态知识图谱和行为状态知识图谱，确定猕猴种群内存在免疫缺陷的子种群以及猕猴种群内的病毒传播特征信息，实现对不同猕猴个体的免疫状态变化趋势预测。