本发明提供了一种基于门诊病例的体格检查结果分析方法、系统及存储介质，该方法包括：对现病史分词进行实体识别得到实体类型；根据实体类型确定实体对象，根据实体对象进行分类得到对象集合；将体格检查结果中的体格检查项与实体对象进行匹配，得到部位匹配结果，根据部位匹配结果，确定体格检查项在对象集合中的关联集合；将体格检查项的检查结论与对应的关联集合进行语义匹配，得到语义匹配结果，根据语义匹配结果生成结果分析报告。本发明实施例，通过将体格检查项的检查结论与对应的关联集合进行语义匹配，能有效地检测检查结论与现病史文本之间是否存在语义冲突的现象，提高了体格检查结果分析效率。