本发明提出了一种飞机轴线校靶系统与方法，校靶方法为：对激光发射器发射的激光进行滤光；激光定轴装置对激光束进行分光；两台面阵相机对反射和透射激光光斑分别进行成像；计算模块计算反射和透射激光光斑图像的空间质心坐标并获取校靶结果。本发明激光器组件发射的激光具有较好的定向性，且两台面阵相机能够对反射激光光斑和透射激光光斑同时进行成像,提高了鲁棒性；通过计算反射激光光斑图像的空间质心坐标进行镜像变换后位于定轴通道入口横截面处的坐标，以及透射激光光斑图像的空间质心坐标之间的横向偏差和纵向偏差，具有较高的校靶精度；处理的是反射、透射激光光斑的视频流数据并实时反馈校靶结果，具有较高的校靶效率。