本发明提供一种基于先验知识和生成树的图像拼接方法及系统，包括以下步骤：获取数字病理扫描仪拍摄的若干张待拼接的病理切片图像；以所述图像的网格位置和覆盖区域作为先验知识；根据所述先验知识并使用增强相位相关算法将相邻的病理切片图像进行对齐；使用归一化互相关算法丢弃低质量的相邻图像对齐，从而会将对齐后完整的图像分割成多个不相连的图块；在每个所述图块内执行生成树的过程，根据生成树的结果得到每个图块对应的生成树后，将多棵生成树进行拼接，根据拼接结果得到完整的病理切片图像；本发明的具有以下有益效果：本发明不仅在处理速度较快的情况下拼接误差较小，还可以有效应对相机微量旋转对图像位置的影响。