本发明公开了磁悬浮高速永磁同步电机故障识别及自适应保护方法，涉及电机故障识别技术领域，包括：构建满秩的参考可变模型；采集磁悬浮高速永磁同步电机的电学参数；通过满秩的参考可变模型对磁悬浮高速永磁同步电机的电机参数进行辨识，得到磁悬浮高速永磁同步电机的实时电机参数；基于磁悬浮轴承控制调整算法进行补偿，抵消掉电机参数变化而产生的对磁悬浮轴承的控制误差；基于补偿后的控制参数调控磁悬浮高速永磁同步电机的轴承‑转子动力学系统。本发明的优点在于：可实现对电机定子电阻、电感和转子永磁磁链幅值等多个参数值进行精准辨识，可实现磁悬浮轴承控制器算法补偿，减小磁悬浮轴承的控制难度。