本发明公开了一种高压井口二级串接自充能抽水除砂器及工作方法，一级分离器的内侧空腔设置有一级抽水管，二级分离器的内侧空腔的底部设置有二级抽水管，二级分离器内设置有储能电动器，二级分离器内设置有自充能元件，一级抽水管或二级抽水管的端部设置有抽水泵体；储能电动器包括电动机和储能装置，自充能元件内部设置有能量转换器；一级抽水管内设置有清扫触发机构。本发明通过设置内部的抽水机构，实现对内部积水自动排除，本发明所采用的排水管无需与除砂器外部连通，保证了除砂器的连续工作，依靠天然气本身的气体动力产生能源并抽水，实现对积水的抽取和排出。