本发明涉及用于培养Thraustochytriales属微生物的最适化方法，按照该方法将微生物培养在不添加钠盐和氯盐并且总盐含量少于3.5g/L(相当于少于海水盐含量的10％)的低盐培养基中，随后从微生物和/或培养基中分离PUFAs。本发明特别涉及具有大大降低的总盐含量，尤其是特别降低的NaCl含量的新的最适化培养基。通过使用不同盐类的新的组合物作为培养基的成分，可以极大地增加并显著简化PUFAs的生产，而这种培养基中离子的总重量比率不超过1.75g/L。此外，在优选情况下该培养基中完全不添加钠盐和氯盐，这有助于防止由含有盐的废水所引起的环境破坏。