本实用新型公开了一种基于PCIE接口方式和自定义接口方式的隔离模块，隔离模块包括FPGA模块、PCIE模块和高速连接器模块，FPGA模块包括第一PCIE接口和第二PCIE接口，第一PCIE接口和PCIE模块相连接，第二PCIE接口和高速连接器模块相连接；PCIE模块起到数据隔离的作用，使PCIE模块只能和FPGA模块进行数据互换，高速连接器模块只能和FPGA模块进行数据互换，设计的高速连接器一端通过PCIE接口和FPGA模块相连接，另一端和子板相连接，相对于传统的子板和PCIE连接器连接具有更加安全可靠、速度快的优点。