本实用新型公开了一种高效负压层析柱，所述负压层析柱包括用于装载吸附剂的层析柱体，所述层析柱体的上方依次连接储液腔和磨砂柱口，所述层析柱体的下方为收缩出液口，所述层析柱体的下方的外侧设有磨砂瓶塞口，所述收缩出液口位于磨砂瓶塞口内并伸出磨砂瓶塞口之外，所述磨砂瓶塞口上设有用于连接抽气泵的负压抽气口，所述负压抽气口的位置高于收缩出液口。本实用新型提供的负压层析柱提高了层析速度，并且可以控制层析的启停，缩短了层析柱的长度，便于安装和清洗，可以实现物质的快速高效分离。