本实用新型提供了一种面向水体深度脱氮除磷的生态净化槽，其包括级配砂砾填料层、深度脱氮除磷填料层、级配碎石填料层、种植土层和排水通道；所述级配砂砾填料层、深度脱氮除磷填料层与级配碎石填料层依次并列设置，所述级配砂砾填料层位于水体的一侧，水依次渗透级配砂砾填料层、深度脱氮除磷填料层与级配碎石填料层；所述种植土层覆盖在砂砾填料层、深度脱氮除磷填料层与碎石填料层上；所述种植土层种植有湿生植物，排水通道的一端水平置于碎石填料层内。采用本实用新型的技术方案，实现高效能、低成本、零外碳源需求、可控深度脱氮除磷，脱氮效率高；而且具有水动力条件优化、结构稳定、施工运维方便、渗水过滤效果可控等特点。