本实用新型公开了一种轨道桥支柱减震系统及其减震结构，减震结构包括预埋件、减震缓冲板、钢制垫板和减震缓冲框，减震缓冲板铺设在所述预埋件的顶面中心处，钢制垫板铺设在所述减震缓冲板上，且通过第一紧固螺母紧压，减震缓冲框为空心矩形框式结构，放置在所述减震缓冲板的顶面周边侧，所述轨道桥支柱通过第二紧固螺母限位，与所述垫板的顶面之间留有第一间隙，侧面与所述减震缓冲框设有第二间隙，第一间隙和第二间隙内灌注填充轨道胶泥。本实用新型，通过减震缓冲板缓冲垂直方向的震动，通过减震缓冲框缓冲水平方向的震动，提高了减震效果，并且只需在每一根轨道桥支柱的外周设置一个减震结构即可，降低了建造成本。