本实用新型提供了一种多晶硅变流变压器及控制系统，所述多晶硅变流变压器包括三相铁心、以及分别套设在所述三相铁心上的三相原边绕组和三相副边绕组，所述三相副边绕组中的每相副边绕组包括两组单相副边分裂绕组，共形成六组所述单相副边分裂绕组；每组所述单相副边分裂绕组均包括上部分线圈和下部分线圈，所述上部分线圈和所述下部分线圈之间可通过外部接线并联。本实用新型中提供的多晶硅变流变压器发生缺相时，将单相副边分裂绕组上、下两个分线圈并联后向同一负载输出，避免了传统多晶硅变流变压器结构存在上、下副边绕组不同时运行，即缺相运行导致的烧毁现象。