本实用新型公开了一种养殖尾水处理系统，包括微滤装置、蛋白分离装置、曝气生物滤池、脱氮装置以及活性炭滤池，其中微滤装置的进水端用于接收养殖尾水，蛋白分离装置的进水端与微滤装置的出水端相连，曝气生物滤池的进水端与蛋白分离装置的出水端相连，脱氮装置的进水端与曝气生物滤池的出水端相连，活性炭滤池的进水端与脱氮装置的出水端相连，活性炭滤池的出水端输出回用水。根据本实用新型的养殖尾水处理系统能有效处理海水养殖尾水中的各种污染物，提升海水养殖尾水的处理效率，并具有占地面积小、维护方便、自动化程度高的优点。对养殖尾水的循环利用还可以提高海水资源的利用率、减少排放并避免对海洋环境的破坏。