本实用新型属于燃油过滤技术领域，公开燃油过滤系统、动力总成及工程机械设备，燃油过滤系统用于过滤输入电控发动机的燃油，燃油过滤系统包括主油箱、副油箱、第一过滤器以及若干个第二过滤器，主油箱用于储存燃油；副油箱连通主油箱的输油口以及电控发动机的进油口；第一过滤器设置于副油箱与主油箱之间的连通管路上，第一过滤器用于对从主油箱输入副油箱的燃油进行过滤；若干个第二过滤器设置于副油箱的供油口与电控发动机的进油口之间的连通管路上，第二过滤器用于对从副油箱输入电控发动机的燃油进行过滤。本实用新型利用双油箱形式对燃油进行多级过滤，提高过滤效果，延长电控发动机的使用寿命，使工程机械设备能够稳定工作。