本实用新型公开一种船舶加氢站制氢制氧系统，包括电解槽系统、纯水循环系统、氢气分离系统、氧气分离系统、氢气纯化系统和氧气收集系统，所述电解槽系统包括PEM电解槽，所述PEM电解槽氢气出气孔通过氢气管道与氢气分离系统连接，所述PEM电解槽氧气出气孔通过氧气管道与氧气分离系统连接，氢气分离系统氢气出口通过管道与氢气纯化系统连接，氧气分离系统氧气出口通过管道与氧气收集系统连接；本实用新型可以满足江河流域船只加氢的巨大用量需求，提高加氢效率，同时能够生产出副产品氧气进行灌装，增加经济效益。