Das Verfahren zur mikroskopischen Ortsbestimmung eines ausgewählten intrazellulären, nativen Genomabschnitts mit bekannter Nukleotidsequenz in situ ist durch die Art und Reihenfolge der folgenden Maßnahmen gekennzeichnet: (1.) Die Target-DNA wird anhand von Genomdatenbanken hinsichtlich Teilsequenzen analysiert, die ein einmaliges Muster innerhalb des Genoms darstellen. (2) Es werden einzelsträngige Sondensequenzen bereitgestellt, die mit diesen Teilsequenzen übereinstimmen oder komplementär dazu sind, und die über eine Watson-Crick-Bindung zur Hybridisierung an die Einzelstränge dieser Teilsequenzen geeignet sind. (3.) Die Sondensequenzen werden mit Markermolekülen gekoppelt sind, wobei alle Einheiten aus Sondensequenz und Markermolekül(en) das gleiche Bindungsverhalten oder den gleichen Schmelzpunkt mit dem zu ihr komplementären Einzelstrang der Target-DNA aufweisen. (4.) Die Sondensequenzen werden in die Zelle eingebracht und mit der Target-DNA zusammengebracht, so daß sie mit den entsprechenden, temporär als zwei Einzelstränge vorliegenden Teilsequenzen der Target-DNA hybridisieren. (5.) Die emittierten Markersignale werden detektiert und (6.) anhand des Vorhandenseins und/oder der Intensität und/oder des gleichzeitigen Auftretens von verschiedenen Markersignalen wird der Ort der Target-DNA auf dem Genom identifiziert.