本発明は関連付けおよび知識ベースのシステムおよびプロセスからバイオマーカーを識別するシステムおよび方法に関し、特に本発明の態様は、1つ以上の所定の用語と関連付けられたデータベース用語を識別するクエリを用いて生物医学的テキスト、科学論文の摘要等の1つ以上の公開情報源をデータマイニングすること、各々の識別されたデータベース用語と1つ以上の所定の用語との関連付けをスコアすること、このスコアに基づきサブセットbを決定すること、所定の順番でアルゴリズムの組合せを使用してサブセットb内のデータベース用語、相互作用および追加のデータベース用語を含む相互作用ネットワークモデルを開発すること、サブセットb内のデータベース用語および相互作用ネットワークモデル内の追加のデータベース用語のランキングに基づいて相互作用ネットワークモデルから候補バイオマーカーを識別することを含むコンピュータ実装方法を対象とする。