眼底撮影システムは、被験者の眼底部を撮影する眼底撮影カメラ本体部と、眼底部の撮影時に被験者の額部に当接する額当て部と、眼底部の撮影時に被験者の顎部に当接する顎受け部と、額当て部に設けられた第1脈波検出部と、被験者の額部以外の箇所の脈波を検出する第2脈波検出部と、眼底撮影カメラ本体部を制御する制御部とを備え、制御部は、第1脈波検出部によって検出された被験者の額部の脈波の位相と、第2脈波検出部によって検出された被験者の額部以外の箇所の脈波の位相とに基づいて、被験者の眼底部の脈波の位相を算出する位相算出部と、被験者の眼底部の脈波の位相に基づいて、被験者の眼底部の撮影タイミングを制御する撮影タイミング制御部とを備える。