カツオやマグロなどの加熱した魚肉を軟化させることができ、また、ヒスタミンによるアレルギー症状の発生を抑制することができる軟化加工魚肉の製造方法を提供する。第1工程で、カツオまたはマグロなどの魚の生肉を至適温度が40℃以上のプロテアーゼの水溶液に浸漬させて10℃以下の温度で所定時間保った。生肉は水溶液に浸漬される前に針で複数の穴をあけてある。第1工程後の第2工程で、生肉を50℃乃至80℃の温度範囲で所定時間保ち、生肉中でプロテアーゼを活性化させた。軟化させた生肉をオーブンにより250℃で加熱した。