内燃機関の制御装置は、直流電源から供給される一次電流が流れる一次コイル、および、内燃機関の燃焼室において混合気に点火する点火プラグの電極に接続され前記一次電流の通電および遮断によって発生する二次電圧が印加され二次電流が流れる二次コイルを有し、前記内燃機関の気筒毎に設けられる点火コイルと、前記一次コイルの前記直流電源と反対側である接地側に接続され前記一次電流の通電および遮断を切り替える点火スイッチを有し、前記点火コイル毎に設けられるイグナイタ部と、前記点火スイッチにより前記一次電流を遮断し当該遮断による電圧により前記点火プラグにて放電が発生した後において、エネルギを投入するエネルギ投入部と、を有する点火装置を備える内燃機関システムを制御する。前記制御装置は、前記二次電流を取得する二次電流取得部と、前記二次電流取得部により取得された前記二次電流に基づき、前記エネルギ投入部から投入するエネルギ量を気筒毎に学習する学習部と、を備える。