生体等の透明被写体の全焦点画像を観察する場合であっても、Ｚ方向における構造の位置や構造同士の前後関係をユーザが視覚的に把握することができる顕微鏡観察システム等を提供する。顕微鏡観察システム１は、顕微鏡装置１０が備える観察光学系の光軸に沿って焦点位置をずらしながら被写体像を撮像することにより生成された複数のスライス画像を取得する画像取得部２１と、複数のスライス画像のうちの１のスライス画像に対して他のスライス画像を、当該１のスライス画像が含まれる面内において相対的にシフトさせる画像シフト処理部２３１と、上記１のスライス画像と、該１のスライス画像に対して相対的にシフトさせた他のスライス画像とを、１のスライス画像に対する他のスライス画像のシフト量が異なる複数の条件の下で合成することにより、複数の全焦点画像を生成する全焦点画像生成部２３２と、複数の全焦点画像を表示する表示装置３０とを備える。