質量分析装置は、質量分析部２と、マススペクトル生成部３１と、絶対強度比較部３２と、ピークパターン比較部３４と、目的成分判定部３５とを備える。質量分析部２は、試料を直接イオン化して質量分析を行う。マススペクトル生成部３１は、質量分析部２による質量分析に基づいてマススペクトルを生成する。絶対強度比較部３２は、マススペクトル生成部３１により生成されたマススペクトルに含まれるピークの絶対強度を閾値と比較する。ピークパターン比較部３４は、マススペクトル生成部３１により生成されたマススペクトルを予め定められたピークパターンと比較する。目的成分判定部３５は、絶対強度比較部３２による比較結果、及び、ピークパターン比較部３４による比較結果に基づいて、試料中の目的成分の有無を判定する。