一种预测药物-靶标结合强度的绝对自由能微扰方法

    公开(公告)号:CN109859806A

    公开(公告)日:2019-06-07

    申请号:CN201910045003.X

    申请日:2019-01-17

    Applicant: 中山大学

    Inventor: 罗海彬 李哲

    Abstract: 本发明提供一种预测药物-靶标结合强度的绝对自由能微扰方法,包括:构建Lig体系以及Rec-Lig体系;对Lig体系及Rec-Lig体系的各个状态的参数进行分子动力学模拟,得到每个状态的分子动力学轨迹;通过相邻状态的力场文件进行单点能计算,得到每个相邻状态之间的势能差;对每个相邻状态之间的势能差进行概率分布统计,利用多个高斯函数的线性组合进行拟合;根据拟合后的概率分布,重新生成每一状态的势能差,通过计算得到药物与靶标的结合自由能。本发明提供的绝对自由能微扰方法,将所有自由能微扰中间状态的动力学模拟轨迹所对应的概率分布利用高斯函数进行拟合,使得采样的概率分布更加合理,大幅提升了能量计算结果的收敛性及准确性。

    一种N‑取代吡唑并[3,4‑d]嘧啶酮类化合物及制备方法与应用

    公开(公告)号:CN106977518A

    公开(公告)日:2017-07-25

    申请号:CN201710128523.8

    申请日:2017-03-06

    Applicant: 中山大学

    Abstract: 本发明公开了一类N‑取代吡唑并[3,4‑d]嘧啶酮类化合物的制备方法与应用。所述化合物具有式1所示结构,其中,R为环状或非环状的脂肪烷基、杂环基、含酰基基团、含羟基基团、含巯基基团;R1为甲氧基、卤素、三氟甲基、乙氧基、乙酰基、氰基、硝基、N,N‑二甲基、氯甲基、苄氧基、取代或非取代氨基、取代胍基、取代或非取代磷酸基、取代或非取代磺酸基、长链脂肪烷基、长链脂肪胺基;当R为环戊基时,R1不是取代或非取代氨基。本发明是一类结构新颖的化合物,而且该类化合物对磷酸二酯酶9型具有良好的抑制作用,同时具备抗氧化活性,可作为磷酸二酯酶9型抑制剂应用于阿尔茨海默病的治疗。式1。

    一种取代吡咯色原酮类化合物

    公开(公告)号:CN103073554B

    公开(公告)日:2014-10-29

    申请号:CN201310017310.X

    申请日:2013-01-17

    Applicant: 中山大学

    Abstract: 本发明涉及一种取代吡咯色原酮类化合物。本发明所述的取代吡咯色原酮类化合物具有如下结构:其中,R1、R2、R3和R4选自氢、卤素、C1-3烷基、C1-3取代烷基、烷氧基、酰基、羧酸基、羧酸根、含氮基团、含磷基团或含硫基团;R5选自取代或非取代环状基团;R6选自氢或C1-3的烷基、酰基、含羧酸基团、含羧酸根基团、含氮基团、含磷基团或含硫基团。所述的5型磷酸二酯酶抑制剂可用于制备治疗5型磷酸二酯酶相关疾病的药物,尤其适合制备治疗男性性功能障碍或肺动脉高压疾病的药物。

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