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公开(公告)号：CN111951884A
公开(公告)日：2020-11-17
申请号：CN202010661704.9
申请日：2020-07-10
Applicant: 中南大学
Abstract: 本发明涉及一种蛋白质小分子结合口袋上关键柔性氨基酸的识别方法，包括以下步骤：步骤1、在蛋白质PDB结构中，通过95％的序列相似性将蛋白质的结构分类为不同的亚型簇；步骤2、明确的生物学配体，将在同一结构亚型簇中所有蛋白结构重叠，并准确鉴定蛋白上小分子结合口袋；步骤3、将已知3D结构的同一结构亚型簇中的相应结合位点，根据小分子结合位置划分为位点结合亚型；步骤4、通过计算理化和结构参数差异表征因子来研究蛋白质柔性的性质；步骤5、用形成蛋白质结合口袋的系统的最高评分来识别关键的柔性残基。设计了一套统一性、无偏见的研究流程体系，开发了一套系统性的数学统计公式来确定不同结构模型相同位置上的结合位点氨基酸的结构柔性。
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公开(公告)号：CN111951884B
公开(公告)日：2022-03-22
申请号：CN202010661704.9
申请日：2020-07-10
Applicant: 中南大学
Abstract: 本发明涉及一种蛋白质小分子结合口袋上关键柔性氨基酸的识别方法，包括以下步骤：步骤1、在蛋白质PDB结构中，通过95％的序列相似性将蛋白质的结构分类为不同的亚型簇；步骤2、明确的生物学配体，将在同一结构亚型簇中所有蛋白结构重叠，并准确鉴定蛋白上小分子结合口袋；步骤3、将已知3D结构的同一结构亚型簇中的相应结合位点，根据小分子结合位置划分为位点结合亚型；步骤4、通过计算理化和结构参数差异表征因子来研究蛋白质柔性的性质；步骤5、用形成蛋白质结合口袋的系统的最高评分来识别关键的柔性残基。设计了一套统一性、无偏见的研究流程体系，开发了一套系统性的数学统计公式来确定不同结构模型相同位置上的结合位点氨基酸的结构柔性。
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