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公开(公告)号：CN112210620B
公开(公告)日：2022-06-07
申请号：CN202011139059.0
申请日：2020-10-22
申请人： 中国农业科学院作物科学研究所 , 中国农业科学院生物技术研究所
IPC分类号： C12Q1/6895 , C12Q1/6806 , C12N15/11
摘要： 本发明涉及一种基于NGS测序的AcDs全基因组位点高效检测引物和方法，所述引物是Primer5和Primer3所示的碱基序列。使用这两条引物，通过混合建库PCR，再NGS二代深度测序的方法，可以从每个玉米材料中富集到60‑100个Ac/Ds位点，检测率接近饱和，且使用随机标签序列标记每个样本，方便从混合测序序列中分离出每个样品的序列，为Ac/Ds位点检测提供了一种高通量大规模的方案。
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公开(公告)号：CN112210620A
公开(公告)日：2021-01-12
申请号：CN202011139059.0
申请日：2020-10-22
申请人： 中国农业科学院作物科学研究所 , 中国农业科学院生物技术研究所
IPC分类号： C12Q1/6895 , C12Q1/6806 , C12N15/11
摘要： 本发明涉及一种基于NGS测序的AcDs全基因组位点高效检测引物和方法，所述引物是Primer5和Primer3所示的碱基序列。使用这两条引物，通过混合建库PCR，再NGS二代深度测序的方法，可以从每个玉米材料中富集到60‑100个Ac/Ds位点，检测率接近饱和，且使用随机标签序列标记每个样本，方便从混合测序序列中分离出每个样品的序列，为Ac/Ds位点检测提供了一种高通量大规模的方案。
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公开(公告)号：CN117512164A
公开(公告)日：2024-02-06
申请号：CN202311408280.5
申请日：2023-10-27
申请人： 中国农业科学院特产研究所 , 中国农业科学院作物科学研究所
IPC分类号： C12Q1/6895 , C12Q1/6869 , C12N15/11
摘要： 本发明属于分子生物学领域，具体提供高效检测全基因组水平PREM转座子位点的引物和方法。本发明所提供的方法基于NGS测序，采用特定的引物，能富集到基因组上几乎全部的PREM转座子位点，效率极高。本发明所提供的方法可以从每个玉米材料中富集到15000个PREM位点，检测率接近饱和，为PREM位点检测提供了一种高效率的方案。此外，本发明所提供的方法通过引物上的标签序列，帮助混合测序后，从大规模数据中将单个样品的位点分离出来，适合高通量检测；并且，本发明通过混合PCR、测序极大程度的降低了建库和测序的成本。
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公开(公告)号：CN114134247B
公开(公告)日：2023-09-12
申请号：CN202111394136.1
申请日：2021-11-23
申请人： 中国农业科学院作物科学研究所
IPC分类号： C12Q1/6895 , C12N15/11
摘要： 本发明公开了与谷子株高性状紧密连锁的分子标记及其引物序列和应用。本发明提供了检测谷子基因组中Si5G271900C的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定谷子株高或谷子辅助育种中的应用，所述Si5G271900C为含有SNP位点的谷子株高分子标记，所述SNP位点为序列表中序列1第234位核苷酸，其核苷酸种类为C或T。通过基因组学分析以及相关的分子生物学验证确定所述Si5G271900C是和株高性状紧密相关的分子标记。进一步通过基因与表型性状关联分析结果说明该标记与株高性状紧密关联，是可用于株高性状检测的分子标记，在谷子矮化育种中具有重要的应用价值。
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公开(公告)号：CN117887881A
公开(公告)日：2024-04-16
申请号：CN202311748344.6
申请日：2023-12-19
申请人： 中国农业科学院作物科学研究所
IPC分类号： C12Q1/6895 , C12Q1/6869 , C12N15/11
摘要： 本发明涉及分子生物学技术领域，提供一种基于二代测序检测Huck转座子全基因组位点的引物及其方法与应用。本发明所提供引物如SEQ ID NO.1‑3所示，使用上述引物，通过建库PCR，经NGS二代深度测序，获得玉米全基因组Huck位点。本发明从每个玉米材料中通过直接扩增的方法富集到10000‑20000个Huck位点，可用于液相芯片检测位点，直接扩增类的液相芯片通量最多为1000个基因组位点，捕获类的芯片通量一般数千到数万不等，本发明检测效率较高。Huck位点作为一个转座子超家族，从未用在标记序列开发中，其应用潜力尚未挖掘。因此，本发明为Huck位点检测提供了高效率的检测引物和方法。
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公开(公告)号：CN117887879A
公开(公告)日：2024-04-16
申请号：CN202311739420.7
申请日：2023-12-18
申请人： 中国农业科学院作物科学研究所
IPC分类号： C12Q1/6895 , C12Q1/6869 , C12N15/11
摘要： 本发明属于分子生物学领域，提供一种用于分离Opie转座子插入位点基因组序列的引物组合和方法，具体为基于NGS测序的Opie全基因组位点高效检测引物和方法，所述引物是Opie1‑inner、Opie1‑outer和Opie2‑inner所示的碱基序列。使用这3条引物，通过建库PCR，再进行NGS二代深度测序的方法，可以从每个玉米材料中富集到约10000‑20000个Opie位点，本发明为Opie位点检测提供有力工具。
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公开(公告)号：CN114134247A
公开(公告)日：2022-03-04
申请号：CN202111394136.1
申请日：2021-11-23
申请人： 中国农业科学院作物科学研究所
IPC分类号： C12Q1/6895 , C12N15/11
摘要： 本发明公开了与谷子株高性状紧密连锁的分子标记及其引物序列和应用。本发明提供了检测谷子基因组中Si5G271900C的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定谷子株高或谷子辅助育种中的应用，所述Si5G271900C为含有SNP位点的谷子株高分子标记，所述SNP位点为序列表中序列1第234位核苷酸，其核苷酸种类为C或T。通过基因组学分析以及相关的分子生物学验证确定所述Si5G271900C是和株高性状紧密相关的分子标记。进一步通过基因与表型性状关联分析结果说明该标记与株高性状紧密关联，是可用于株高性状检测的分子标记，在谷子矮化育种中具有重要的应用价值。
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