公开(公告)号：CN119265327A

公开(公告)日：2025-01-07

申请号：CN202411825189.8

申请日：2024-12-12

Applicant: 中国海洋大学三亚海洋研究院 ,  中国海洋大学

Inventor： 王师 ,  刘平平 ,  马岑 ,  徐畅 ,  张天琦 ,  吕佳 ,  张玲玲 ,  胡景杰 ,  包振民

IPC: C12Q1/6888 ,  C12Q1/689 ,  C12Q1/6895 ,  C12Q1/70 ,  C12Q1/6869 ,  G16B20/00 ,  G16B30/10

Abstract: 本发明公开了一种联合解析宿主及其共存微生物的简化基因组分析方法，步骤如下：构建宿主与微生物IIB酶切的全息组学数据库；选择合适材料进行混合DNA的提取；混合DNA进行质检；质检合格后构建2b‑RAD/多组学MisoRAD文库并测序；测序数据进行质控和酶切标签提取后，比对至上述构建的数据库，其中比对至宿主和微生物的数据分别采用不同软件进行宿主基因型分析和微生物物种与丰度分析。本发明可低成本、高效率的在单文库实现宿主基因组分型和微生物物种与丰度鉴定的同步联合分析；对DNA检测量要求极低，无需破坏性取样，可动态追踪全息组学的变化。

公开(公告)号：CN110343742B

公开(公告)日：2023-03-21

申请号：CN201910668292.9

申请日：2019-07-23

Applicant: 中国海洋大学

Inventor： 王师 ,  张天琦 ,  刘平平 ,  吕佳 ,  马岑 ,  包振民

IPC: C12Q1/6806 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明公开了一种用于高通量测序文库制备的微量贝类DNA提取方法。选取微量贝类鳃丝组织，仅需细胞裂解液和蛋白酶K，进行细胞裂解、蛋白质消化，稀释上清，由此得到的基因组DNA，可以直接用来制备高通量测序文库。DNA提取所需的组织量低至5mg，操作简便快速，尤其适用于微量组织的高通量测序文库制备；利用该DNA样品制备的文库进行测序获得基因分型数据，分型准确性达99.94％。本发明DNA提取操作时间不超过30分钟，提取的DNA适用于大批量贝类微量样品的高通量测序文库的制备及后续全基因组分型分析。

公开(公告)号：CN110343742A

公开(公告)日：2019-10-18

申请号：CN201910668292.9

申请日：2019-07-23

Applicant: 中国海洋大学

Inventor： 王师 ,  张天琦 ,  刘平平 ,  吕佳 ,  马岑 ,  包振民

IPC: C12Q1/6806 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明公开了一种用于高通量测序文库制备的微量贝类DNA提取方法。选取微量贝类鳃丝组织，仅需细胞裂解液和蛋白酶K，进行细胞裂解、蛋白质消化，稀释上清，由此得到的基因组DNA，可以直接用来制备高通量测序文库。DNA提取所需的组织量低至5mg，操作简便快速，尤其适用于微量组织的高通量测序文库制备；利用该DNA样品制备的文库进行测序获得基因分型数据，分型准确性达99.94％。本发明DNA提取操作时间不超过30分钟，提取的DNA适用于大批量贝类微量样品的高通量测序文库的制备及后续全基因组分型分析。