公开(公告)号：CN118298924A

公开(公告)日：2024-07-05

申请号：CN202410399584.8

申请日：2024-04-03

申请人： 中国科学院动物研究所

发明人： 李杨 ,  刘兴 ,  高闯

IPC分类号： G16B40/00 ,  C12Q1/70 ,  C12Q1/6806 ,  C40B50/06 ,  C12Q1/6869 ,  G16B20/30 ,  G16B50/10 ,  G16B30/10 ,  G16B30/20 ,  C12R1/93

摘要： 本发明公开了一种基于Small‑RNA高通量测序检测媒介中病毒以及病毒复制的方法。本发明属于病毒检测技术领域，本发明开发的Small‑RNA测序鉴定待测样本中病毒种类的方法包括以下步骤：1)从感染病毒的待测样本中提取总RNA，构建cDNA文库，将small RNA序列片段从中分离；2)从GenBank下载病毒序列和分类数据库，将small RNA序列片段与病毒序列文件进行比对；3)将contigs3文件与病毒核酸数据库进行比对，选出contigs3文件中比对结果e值最小的序列，计算contigs3序列在对应病毒基因组的覆盖率；区分覆盖阈值的病毒信息；以此推测small RNA序列的病毒来源。