公开(公告)号：CN116994657A

公开(公告)日：2023-11-03

申请号：CN202311066464.8

申请日：2023-08-23

Applicant: 中国科学院深圳先进技术研究院

Inventor： 杨统见 ,  谢尚波 ,  肖贡 ,  罗小舟 ,  杰·基斯林

IPC: G16B35/10

Abstract: 本发明公开了一种传统基因编辑质粒与引物设计系统，属于生物信息学技术领域。本发明使用基于引物设计软件PRIMER3的开源代码，在Linux或windows操作系统中利用python脚本实现自动运行，完成质粒图谱绘制和引物设计与评估，无需额外的操作。该引物设计系统还引入了border引物设计策略，通过允许更长的引物序列设计，获得3'端更特异的高质量引物。本发明的DNA编辑质粒与引物设计系统可实现对多靶点的自动连续设计，并包含经Pyinstaller封装的GUI程序，可实现不依赖于网络的便捷使用。

公开(公告)号：CN117316287A

公开(公告)日：2023-12-29

申请号：CN202311060144.1

申请日：2023-08-22

Applicant: 中国科学院深圳先进技术研究院

Inventor： 杨统见 ,  谢尚波 ,  凌路頔 ,  肖贡 ,  罗小舟 ,  杰·基斯林

IPC: G16B35/10

Abstract: 本发明公开了一种CRISPR质粒与引物设计系统，属于生物信息学技术领域。本发明公开了一种可以允许客户给定基因组、给定CRISPR母版载体、允许对多个靶点进行批量的引物和质粒图谱设计，输出的结果除gRNA及质量评估以外，还提供了可用于扩增gRNA、同源臂、载体骨架的引物、鉴定引物以及方便后续克隆构建时的测序数据比对以及追溯的质粒图谱。本发明通过Border引物设计策略克服了常规引物设计带来的3’端引物特异性差的问题。设计完整引物的同时满足扩增获得完整的目标DNA序列及3'端特异性更高的要求。