公开(公告)号：CN115050417B

公开(公告)日：2024-07-19

申请号：CN202210736148.6

申请日：2022-06-27

Applicant: 华南农业大学

Inventor： 孟露明 ,  罗琼 ,  刘柏平

IPC: G16B15/10

Abstract: 本发明公开一种基于染色质随机折叠过程预测染色质域结构TAD的方法，包括如下步骤：（1）为待研究的染色质区间构建携带染色质可及性信息的染色质高分子链模型集合；（2）模拟携带染色质可及性信息的染色质高分子链模型在微小球形空间中的随机折叠过程，计算得到染色质3D结构的集合；（3）基于层级优化法得到高精度的待研究的染色质区间的3D结构集合；（4）基于步骤（3）得到的染色质3D结构集合，构建平均接触矩阵以显示TAD结构。本发明采用层级优化法对携带染色质可及性信息的高分子链模型的随机折叠过程进行分子动力学模拟，在10kb精度下预测了哺乳动物全基因组3D结构中40%以上的TAD结构。

公开(公告)号：CN115050417A

公开(公告)日：2022-09-13

申请号：CN202210736148.6

申请日：2022-06-27

Applicant: 华南农业大学

Inventor： 孟露明 ,  罗琼 ,  刘柏平

IPC: G16B15/10

Abstract: 本发明公开一种基于染色质随机折叠过程预测染色质域结构TAD的方法，包括如下步骤：（1）为待研究的染色质区间构建携带染色质可及性信息的染色质高分子链模型集合；（2）模拟携带染色质可及性信息的染色质高分子链模型在微小球形空间中的随机折叠过程，计算得到染色质3D结构的集合；（3）基于层级优化法得到高精度的待研究的染色质区间的3D结构集合；（4）基于步骤（3）得到的染色质3D结构集合，构建平均接触矩阵以显示TAD结构。本发明采用层级优化法对携带染色质可及性信息的高分子链模型的随机折叠过程进行分子动力学模拟，在10kb精度下预测了哺乳动物全基因组3D结构中40%以上的TAD结构。