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公开(公告)号：CN114242173B
公开(公告)日：2023-05-16
申请号：CN202111579973.1
申请日：2021-12-22
申请人： 深圳吉因加医学检验实验室
摘要： 本申请公开了一种mNGS鉴定微生物的数据处理方法、装置及存储介质。本申请的数据处理方法包括，利用Linux系统提供的内存映射/dev/shm加载数据库；在读取数据库之前，先检查数据库大小，如小于硬盘中原始加载的数据库大小，则通过虚拟内存触碰方式将其激活，使得加载数据库完整的缓存于内存中；采用内存映射方式加载参考基因组；采用Linux管道输出和读入，减少临时文件，提高分析速度。本申请方法，通过对数据处理过程中限制速度的关键步骤进行优化，提高了mNGS鉴定微生物的速度和效率，降低了对高性能硬件设备的依赖性，使得mNGS鉴定微生物仅采用现有常规的硬件设备就能实现快速、高效、准确的微生物分析和鉴定。
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公开(公告)号：CN117778525A
公开(公告)日：2024-03-29
申请号：CN202211193666.4
申请日：2022-09-28
申请人： 深圳吉因加医学检验实验室 , 苏州吉因加生物医学工程有限公司
IPC分类号： C12Q1/6806 , C12N15/10
摘要： 一种用于去除宿主核酸的探针设计方法及试剂盒，试剂盒中探针设计方法包括：参考基因组拆分步骤，包括将宿主参考基因组按预设步长、预设窗口拆分成原始探针序列集合，去掉完全重复的冗余序列，得到探针集；筛选步骤，包括将所述探针集中的所有探针进行两两比对，去掉与已选探针的汉明距离小于探针长度十分之一的探针，获得筛选后的探针集。该试剂盒中的探针集能够对宿主核酸进行高效去除，实现对微生物核酸的准确检测。
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公开(公告)号：CN117265143A
公开(公告)日：2023-12-22
申请号：CN202311131633.1
申请日：2023-09-04
申请人： 深圳吉因加医学检验实验室 , 北京吉因加医学检验实验室有限公司
IPC分类号： C12Q1/689 , C12Q1/6895 , C12Q1/70 , C12N15/11 , C12R1/93 , C12R1/22 , C12R1/46 , C12R1/35 , C12R1/01 , C12R1/725 , C12R1/645
摘要： 本发明公开了一种病原微生物检测的探针组、方法及其应用，所述探针组特异性检测样本中的病原微生物。尤其在中枢神经系统感染疾病领域，克服了常规中枢神经系统感染病原检测的缺陷：病原靶向富集克服传统检测手段周期长，阳性率低的缺陷；克服mNGS宿主占比高、微生物载量低，敏感性低的缺陷；靶向富集克服中枢神经系统感染本身病原载量低和部分胞内菌难检的感染情况。极大提高病原检测灵敏度和特异性，具有重要的临床应用价值。
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公开(公告)号：CN114242173A
公开(公告)日：2022-03-25
申请号：CN202111579973.1
申请日：2021-12-22
申请人： 深圳吉因加医学检验实验室
摘要： 本申请公开了一种mNGS鉴定微生物的数据处理方法、装置及存储介质。本申请的数据处理方法包括，利用Linux系统提供的内存映射/dev/shm加载数据库；在读取数据库之前，先检查数据库大小，如小于硬盘中原始加载的数据库大小，则通过虚拟内存触碰方式将其激活，使得加载数据库完整的缓存于内存中；采用内存映射方式加载参考基因组；采用Linux管道输出和读入，减少临时文件，提高分析速度。本申请方法，通过对数据处理过程中限制速度的关键步骤进行优化，提高了mNGS鉴定微生物的速度和效率，降低了对高性能硬件设备的依赖性，使得mNGS鉴定微生物仅采用现有常规的硬件设备就能实现快速、高效、准确的微生物分析和鉴定。
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公开(公告)号：CN117737272A
公开(公告)日：2024-03-22
申请号：CN202311866082.3
申请日：2023-12-29
申请人： 深圳吉因加医学检验实验室 , 长沙吉因加生物科技有限公司
IPC分类号： C12Q1/689 , C12Q1/6874 , C12N15/11 , C12R1/32
摘要： 本发明的一种用于筛选目标微生物的标记物的方法，筛选得到的标记物及其检测探针组能够快速、准确、高灵敏度、高特异性地靶向检测目标微生物。相比于现有技术，该发明方法对病原检测目标性更强，受人源核酸影响更小，可以有效降低宿主背景噪音，对于低载量核酸检测具有更优的信噪比，有利于提高检测阳性率。而且有效降低了测序所需数据量，大大降低了测序成本。
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