患者層別化のための液滴単一細胞エピゲノムプロファイリングの使用

    公开(公告)号:JP2021531824A

    公开(公告)日:2021-11-25

    申请号:JP2021524116

    申请日:2019-07-12

    IPC分类号: C12Q1/6869 C12Q1/34 C12N15/11

    摘要: 本発明の一態様は、薬物耐性の診断および/または予知のための方法に関し、ここで単一細胞のクロマチン状態は、マイクロ流体システムを用いることによって、対象から得られた細胞においてプロファイリングされて、当該方法は、以下のステップ: a.第1のタイプの少なくとも1つの液滴を提供するステップ、 ここで前記の第1のタイプの液滴は、 i.生物学的エレメント、 ii.溶解バッファー、および iii.ヌクレアーゼ、 を含む b.前記ヌクレアーゼを一時的に不活性化する条件下で前記の第1のタイプの液滴を回収するステップ、 c.前記の第1のタイプの液滴をインキュベートして、それにより前記ヌクレアーゼを再活性化するステップ、 d.第2のタイプの少なくとも1つの液滴を提供するステップ、ここで前記の第2のタイプの液滴は核酸配列を含む、 e.前記の第1および第2のタイプの液滴をマージして、それにより第3のタイプの液滴を生成するステップ、 f.前記の第3のタイプの液滴をインキュベートして、それにより前記核酸配列を1つまたは複数の目的のゲノム領域(単数または複数)に結合させるステップ、 g.前記の1つまたは複数の目的のゲノム領域(単数または複数)をシーケンシングするステップ、 を含む。 本発明のさらなる態様は、 a.少なくとも1つのインデックス配列、 b.シーケンシングアダプター、および c.3’末端および/または5’末端に位置する少なくとも1つの保護機能 を含む核酸配列に関する。

    細菌性膣症を診断するための方法および組成物

    公开(公告)号:JP2021106612A

    公开(公告)日:2021-07-29

    申请号:JP2021072744

    申请日:2021-04-22

    摘要: 【課題】被験体における細菌性膣症(BV)を診断するための方法を提供する。 【解決手段】被験体における細菌性膣症(BV)を診断するための方法は、(a)BVを有すると疑われる被験体から試料を得るステップと、(b)試料中のEggerthella属およびPrevotella属のそれぞれにおける選ばれた細菌種を検出するためのアッセイを実施するステップとを含み、アッセイは、特定の配列と少なくとも98%同一(例えば、少なくとも99%または100%同一)である核酸塩基配列を有する16S rRNA遺伝子の存在によって特徴付けられるEggerthella種を検出するが、他のEggerthella種を検出せず、アッセイは、P.amnii、P.disiens、および、P.biviaを検出するが、他のPrevotella種を検出しない。 【選択図】図7

    改良した微生物バイオマス測定方法

    公开(公告)号:JP2021513371A

    公开(公告)日:2021-05-27

    申请号:JP2020565530

    申请日:2019-02-07

    IPC分类号: C12Q1/34 C12Q1/04

    摘要: 本発明は、菌に由来する酵素活性を測定するアッセイが用いられた、サンプル中の少なくとも1つの対象となる菌を定量的または定性的に測定する方法、に関する。さらに、サンプルに存在し得る他の細胞についての対応する酵素活性を優先的に阻害する酵素阻害剤を添加して、これらの他の細胞からの偽陽性の酵素活性の測定を最小限にする方法に関する。また、測定される酵素の基質、および酵素活性の阻害剤を含むキット、が提供される。さらに、本発明はまた、他のバイオマスを含むサンプル中の菌細胞の相対濃度/数を測定する方法に関する。 【選択図】なし

    標的核酸の検出方法
    10.
    发明专利

    公开(公告)号:JP6846763B1

    公开(公告)日:2021-03-24

    申请号:JP2020066983

    申请日:2020-04-02

    IPC分类号: C12Q1/68 C12Q1/34

    摘要: 【課題】シグナル/ノイズ(S/N)比が向上した標的核酸の検出方法を提供すること。 【解決手段】標的核酸と第一核酸と第二核酸とにより形成される第一開裂構造の第一フラップを切断すること、第三核酸と切断された第一フラップと第四核酸とにより形成される第二開裂構造の第二フラップを切断すること、切断された第二フラップを検出することで標的核酸の存在を検出することを含み、第一フラップを切断すること、及び第二フラップを切断することが、フラップエンドヌクレアーゼで第一フラップ及び第二フラップを切断することにより行われ、フラップエンドヌクレアーゼは、サーモコッカス目に属する菌及びメタノバクテリア目に属する菌からなる群より選択される菌のフラップエンドヌクレアーゼのアミノ酸配列との配列同一性が65%以上であるアミノ酸配列を有する、標的核酸の検出方法。 【選択図】なし