公开(公告)号：US06714874B1

公开(公告)日：2004-03-30

申请号：US09526131

申请日：2000-03-15

申请人： Gene W. Myers ,  Arthur L. Delcher ,  Ian M. Dew ,  Michael J. Flanigan ,  Saul A. Kravitz ,  Clark M. Mobarry ,  Knut Reinert ,  Karin A. Remington ,  Granger G. Sutton

发明人： Gene W. Myers ,  Arthur L. Delcher ,  Ian M. Dew ,  Michael J. Flanigan ,  Saul A. Kravitz ,  Clark M. Mobarry ,  Knut Reinert ,  Karin A. Remington ,  Granger G. Sutton

IPC分类号： G06N312

CPC分类号： G06F19/22 ,  G06F19/24 ,  Y10S707/99943

摘要： The present invention provides methods and systems for assembling a genome from a shot-gun set of end sequenced DNA fragments. Specifically, the present invention provides a method of determining the genomic sequence (base sequence and orientation) of a complex genome using DNA sequence information generated from a collection of DNA fragments obtained from the genome. The present method is particularly useful in assembling genomes of at least 10 MB (up to 5 GB) and which are made up of at least 5% repetitive DNA sequences (up to 25% repetitive), but can be used also for smaller genomes with a lower percentage of repetitive DNA.

摘要翻译： 本发明提供了用于组合来自枪枪组的终止测序的DNA片段的基因组的方法和系统。 具体地，本发明提供了使用从基因组获得的DNA片段的集合产生的DNA序列信息来确定复合基因组的基因组序列（碱基序列和取向）的方法。 本方法在组装至少10MB（至多5GB）的基因组中是特别有用的，它们由至少5％重复的DNA序列组成（高达25％重复），但也可用于较小的基因组， 重复DNA的百分比较低。