公开(公告)号：US08370074B2

公开(公告)日：2013-02-05

申请号：US12606605

申请日：2009-10-27

申请人： Rene J. Trabanino ,  Nagarajan Vaidehi ,  Spencer E. Hall ,  William A. Goddard ,  Wely Floriano

发明人： Rene J. Trabanino ,  Nagarajan Vaidehi ,  Spencer E. Hall ,  William A. Goddard ,  Wely Floriano

IPC分类号： G01N33/48 ,  C12Q1/68 ,  G06G7/58 ,  G06F7/60

CPC分类号： G06F19/16 ,  G06F19/22

摘要： The invention provides computer-implemented methods and apparatus implementing a hierarchical protocol using multiscale molecular dynamics and molecular modeling methods to predict the presence of transmembrane regions in proteins, such as G-Protein Coupled Receptors (GPCR), and protein structural models generated according to the protocol. The protocol features a coarse grain sampling method, such as hydrophobicity analysis, to provide a fast and accurate procedure for predicting transmembrane regions. Methods and apparatus of the invention are useful to screen protein or polynucleotide databases for encoded proteins with transmembrane regions, such as GPCRs.

摘要翻译： 本发明提供计算机实现的方法和装置，其使用多尺度分子动力学和分子模拟方法实现分层协议，以预测蛋白质中的跨膜区域的存在，例如G-蛋白质偶联受体（GPCR），以及根据 协议。 该方案采用粗粒度采样方法，如疏水性分析，为预测跨膜区域提供快速准确的程序。 本发明的方法和装置可用于筛选具有跨膜区的编码蛋白质的蛋白质或多核苷酸数据库，例如GPCR。