本发明提供一种基于神经网络均衡器的小波包多载波扩频系统及控制方法，该系统包括发射端、接收端及多径衰落信道模块，发射端主要由正交幅度调制器、复制器、逆离散小包波变换组成，在逆离散小波包变换前插入扩频码。接收端主要由复径向神经网络均衡器、离散小波包变换、求和器、最大似然检测器、正交幅度解调器构成；在离散小波包变换后插入扩频码WH和子带增益因子，所述复径向神经网络均衡器与神经网络均衡器训练模块连接。在系统上设有控制开关，控制开关的转换位置，可实现用最小均方算法LMS更新复径向神径网络均衡器的权值和实现收发双方的通信，其具体包括：信道均衡，扩频、解扩，小波包多载波调制、解调，最大似然算法的检测判决。