本发明提供一种同步检测烟草丛顶病毒和烟草扭脉病毒的方法，属植物保护领域。根据烟草丛顶病毒和烟草扭脉病毒核苷酸序列分别设计两对特异性引物TB2F/TB2R(检测烟草丛顶病毒)及TVCPF/TVCPR(检测烟草扭脉病毒)。提取植株组织的总RNA后，采用双重RT-PCR的方法，同步检测烟草丛顶病毒和烟草扭脉病毒。该发明能有效克服指示植物法、电镜技术、酶联免疫技术以及总核酸提取法和传统RT-PCR方法的缺点，只用相当于一次普通RT-PCR的时间和试剂，就可以方便、特异、灵敏的同步检测烟草丛顶病毒和烟草扭脉病毒。