本发明公开了一种具有多级电容器的集成电路系统及其制造方法。其中一种集成电路系统的制造方法，包括：提供包括前端工艺电路的基板；采用第一设计规则在所述基板上方形成包括第一指状结构和第二指状结构的第一组金属层，该第一组金属层未形成指状结构导通孔；采用第二设计规则在所述第一组金属层上方形成包括第一指状结构、第二指状结构和指状结构导通孔的第二组金属层，该第二设计规则大于所述第一设计规则；互连所述第一组金属层和第二组金属层，从而形成电容器。