本发明公开了一种鱼类淋巴囊肿病毒免疫检测芯片，其包括芯片载体、铺覆于芯片载体上的琼脂糖凝胶层、琼脂糖凝胶层上固定有多个抗体微阵列，各个微阵列之间用芯片专用围栏或SuperPAPPen划线隔开。本发明采用夹心法检测抗原，在芯片片基上固定病原的抗体，取病毒靶器官制备待检样品液，将待测样品液与固定有病原抗体的芯片孵育，再加荧光标记的特异性单抗探针，通过CCD扫描仪读取结果。该方法能同时检测多种样品或同一样品不同组织中淋巴囊肿病毒。