一种自对准金属硅化物的形成方法，包括：提供半导体衬底，所述半导体衬底包括第一区域和第二区域，所述第一区域的半导体衬底表面至少有一硅区域；在所述第二区域形成覆盖所述半导体衬底的隔离层；采用射频溅射去除所述硅区域的自然氧化层；采用射频溅射形成覆盖所述硅区域、隔离层的金属层；采用射频溅射在所述金属层表面形成保护层；对所述半导体衬底进行退火，形成金属硅化物层；去除保护层和未反应的金属层。本发明提供的自对准金属硅化物的形成方法效率高，能耗低。