本发明公开了一种车载燃料电池与锂电池直接并联混合动力系统，其燃料电池发电装置的输出端通过第一开关导电装置连接电机控制器的输入端，锂电池组的输出端通过第二开关导电装置连接电机控制器的输入端；电机控制器的输出端连接电机；系统能量管理控制器分别连接燃料电池控制器、锂电池管理系统、电机控制器、第一开关导电装置的控制端和第二开关导电装置的控制端，用于根据燃料电池控制器和锂电池管理系统获取的信息控制第一开关导电装置导通或断开以及控制第二开关导电装置正向导通或反向导通或断开。本系统摒弃了传统的需要DC/DC稳压的供电模式，提高了供电效率，锂电池组分担了燃料电池发电装置的电压波动，保护了燃料电池。