本发明公开了一种由柚皮素获取红花素和异红花素的方法，为微生物转化法，包括微生物的培养、底物的转化及产物的收集纯化步骤；所述的微生物为黑曲霉3.4628(Aspergillus niger，CGMCC 3.4628)；所述的底物为柚皮素。本发明选用的转化菌株黑曲霉3.4628易于购得，且可以重复使用，成本较低；柚皮素转化速度快，可在较短时间得到红花素和异红花素；且转化过程污染小，工艺简单，底物-柚皮素还可以循环利用，使规模化及低成本制备红花素和异红花素这两种物质成为可能，对红花素和异红花素的理论研究及其药用价值的广泛利用具有重要贡献。