本发明涉及一种基于酶法辅提和微波酸解的黄姜薯蓣皂苷元清洁生产工艺，属中药提取领域。黄姜皂苷元是合成甾体药物的一类重要的医药原料，但目前生产环节存在较多污染。本发明工艺由黄姜清洗去杂、破碎打浆、静置分层、淀粉分离、酶法辅提、皂苷微波酸解、皂苷元溶剂提取以及重结晶等技术单元构成，通过对黄姜进行湿法打浆，有效分离出游离淀粉，并通过酶法辅提，充分释放皂苷，进而通过微波酸解方式获得皂苷元，其工艺过程酸用量极少，且能够回收黄姜中的淀粉、纤维素等生物质资源，能较好实现加工过程的清洁生产。