本发明涉及一种从肉豆蔻中提取分离去氢二异丁香酚单体的方法，属于中药活性成分的分离纯化技术领域。它是以肉豆蔻为原料进行乙醇提取、乙酸乙酯萃取、以石油醚（60-90℃）-乙酸乙酯作为洗脱剂的硅胶柱分离、流动相为甲醇-水，检测波长为274nm的高效液相色谱柱分离、产品回收等步骤。该方法操作简便，生产周期短，分离效率高，工艺稳定，成本低廉，可实现大量去氢二异丁香酚单体的高纯度分离制备，得到的去氢二异丁香酚单体纯度高，可作为含量测定的对照品使用。