本发明提供一种修补运载火箭贮箱搅拌摩擦焊焊缝缺陷的装置及方法。补焊搅拌头包括搅拌针夹持结构和搅拌针；搅拌针夹持结构的轴肩部分端面为内凹的斜面，在该斜面上开设两个同心圆环形凹槽；搅拌针的前部为圆锥螺纹结构，在该圆锥螺纹的圆周间隔开设3个螺旋凹槽。该方法首先对折断在搅拌摩擦焊焊缝处的搅拌针进行手工挖排；然后对焊缝进行固相填充；再采用补焊搅拌头，从搅拌针折断处填充完焊丝或填充材料的区域中心开始搅拌摩擦焊接，直至焊接到设定的焊接终点；然后继续采用补焊搅拌头，从焊接起始点重新搅拌摩擦焊接一遍焊缝，直至焊接到焊接终点。本发明装置及方法能够保证运载火箭贮箱产品质量及减少匙孔型缺陷造成的运载火箭贮箱产品报废。