本发明涉及一种梅花染色体的荧光原位杂交方法，以梅花中期染色体作为靶DNA，以玉米45SrDNA为探针，用缺刻平移法标记探针，将玉米45SrDNA探针清晰的定位在梅花染色体上。本发明在现有技术基础上，对共变性方法进行改进，采用探针变性、染色体和探针共变性两步来完成变性过程，大大提高杂交成功率。本发明确定了合适的变性温度和变性时间，杂交时间和洗脱方法，杂交特异性高，使得FISH技术很好的应用于梅花等小染色体植物的染色体检测，为梅花染色体深入研究，提供了新的途径和方法。