本发明提供了化合物FK506-A的制备方法，该方法包括以下步骤：a、将FK506于110-150℃下加热2-25分钟，得到FK506-A粗品；b、向FK506-A粗品中加入有机溶剂，溶解后加入硅胶，搅拌均匀后干燥，得到干样；c、将干样加入装有硅胶的层析柱中，加入洗脱溶剂进行洗脱，收集经HPLC测定FK506-A纯度≥75%的洗脱液，浓缩至干，所得固体结晶得到FK506-A纯品。本发明所述化合物FK506-A的制备方法具有操作简便，易于工业生产的优点。