本发明公开了一种变量泵组的控制方法和系统，所述变量泵组由n个变量泵并联而成，根据所述变量泵组的目标排量q，在预定的工作压力p下，构建所述变量泵组的效率e与n个变量泵的排量q1、q2、…、qn的函数关系式，根据该函数关系式，通过寻优算法计算得到所述变量泵组在最大效率max(e)下n个变量泵的目标排量q1、q2、…、qn，并控制所述变量泵组中n个变量泵在目标排量q1、q2、…、qn下运行。这样，提高了变量泵组的效率和使用寿命。本发明还提出了一种包括上述变量泵组的控制系统的工程机械。