本发明公开了一种快速同步检测小麦黄花叶病毒和中国小麦花叶病毒的方法，根据两种病毒基因序列的异同点设计了三条引物反向引物CWWY-R2为：5′-GGTTCCMGTTATCGTACT-3′。正向引物CW1-F2：5′-GGAAGGGATGCCATACAACT-3′，WY1-F2：5′-ACCCTACAAACAAACTCTGC-3′，植物总RNA为模板，以CWWY-R2为引物，反转录合成cDNA。然后通过优化建立了一种同步检测两种病毒的反应体系：cDNA1.6μL、引物(10μmol/L)各0.4μL、10×PCR Buffer(不含Mg2+)2μL、dNTPs(10mmol/L each)0.4μL、Taq DNA聚合酶(5U/μL)0.8μL、MgCl2(25mmol)0.8μL、ddH2O 13.2μL合计20μL；PCR反应条件：94℃预变性5min、94℃50s、50℃50s、72℃90s共30个循环，72℃延伸10min。PCR扩增预期目的片段分别为WYMV 508bp、CWMV 918bp。利用该方法对江苏高邮、扬州和大丰的样本进行检测，分别为WYMV、WYMV、CWMV单一侵染。